Regionen har to forskningsfonde, der støtter regionens forskere. Region Hovedstadens Forskingsfond til Sundhedsforskning støtter regionens virksomheder med forskningsprojekter og ph.d.-studieafgifter, mens Region Hovedstadens Forskningfond for Praksissektoren uddeler forskellige typer af stipendier efter behov til praksissektoren.