Kommunesamarbejde omhandler sundhedsaftaler og sociale rammeaftaler.
Sundhedsaftalerne er obligatoriske aftaler om samarbejdet mellem Region Hovedstaden og de enkelte kommuner. Aftalerne gælder for en valgperiode. Det politiske samarbejde mellem kommunerne og regionen om sundhedsaftaler sker i Sundhedskoordinationsudvalget.
For perioden 2007-2009 vedrører sundhedsaftalerne følgende indsatsområder:
Nye sundhedsaftaler skal laves fra 2010.
Regionsrådet og kommunalbestyrelserne i Region Hovedstaden skal årligt indgå en aftale om drift og udvikling af tilbud på det sociale- og socialpsykiatriske område samt specialundervisning for voksne i regionen. Denne aftale kaldes den sociale rammeaftale.
Aftalen omfatter de tilbud som drives af regionen, og de tilbud som kommunerne har overtaget. Den sociale rammeaftale omhandler behovet for pladser og udviklingen af indsatsen i det kommende år og de efterfølgende tre overslagsår. Den social rammeaftale bygger på de redegørelser, som kommunerne hvert år senest 1. maj skal indsende til Regionen.Endvidere skal Regionen udarbejde en årlig redegørelse for udviklingen på det sociale område og specialundervisningen til Det Regionale Udviklingsråd.